یک. مسأله هماهنگی دو عالم درون و بیرون، از مباحث مهمی است که در تعالیم اسلامی و قرآنی به شکل درست مطرح شده است. انسان ظاهری دارد که همان عالم شهادت و ناسوتی اوست. او عالم باطنی و درونی ای هم دارد که همان جهان روح و غیب اوست. هر یک از این دو عالم انسانی احکامی دارد. آن چه مهم است این که انسان باید به هر دو عالم توجه کند و احکام و اقتضائات هر یک را تأمین و جبران کند. اما چگونگی این هماهنگی و جبران سازی تنها به دست خالق هر دو عالم است. بدین معنا که تنها خداست که می تواند دو عالم وجودی انسان را به یکدیگر نزدیک کند و با هماهنگی آن دو، انسان را به کمال مطلوب و بهشت برین نزدیک سازد. البته اعتقاد یوگاناندا عمدتاً نوعی باطن گرایی صرف است که آثار و پی آمدهای منفی اجتماعی خواهد داشت.
دو. خداشناسی یوگاناندا پذیرفته نیست؛ زیرا از یک سو جلوه های خدا به گونه ای مطرح شده اند که گویا هر یک خدای مستقلی است، حتی باید آن ها را تقدیس و پرستش نمود و احترام آن ها در معابد الزامی است؛ تو گویی یوگاناندا به چند خدایی معتقد است. از سوی دیگر تصویری که از خدا ارائه می دهد همراه با ابهام و اجمال است؛ تو گویی خدای یوگاناندا خدایی در سایه است.
سه. یوگاناندا از یک سو تثلیث مسیحیت را تأیید می کند و از سوی دیگر سعی دارد آن را با تعالیم آیین هندو مطابقت دهد. در حالی که اصل تثلیث امروزه از سوی متفکران برجسته مسیحی قابلیت دفاع عقلی و منطقی خود را از کف داده است. تثلیث یا به چند خدایی و شرک می انجامد یا چیزی جز ابهام گویی نخواهد بود. گرچه نام آن را توجیه عرفانی گذارند.
چهار. در انسان شناسی یوگاناندا با اندیشه های کهن آیین هندو یعنی تناسخ رویارو می شویم. اعتقاد به تناسخ منطقی نیست و ایرادهای مختلفی به آن وارد است که در مباحث پیشین به آن ها اشاره شد.
بجز موارد پیش گفته وجود اختلاف بین شاگردان او بر سر انحصار تعلیم و نشر افکار یوگاناندا مزید بر علت است. اختلافاتی که به طور مشخص بین انجمن خودشکوفایی و کریاناندا سال هاست ادامه دارد. همچنین در زندگی نامه یوگاناندا می بینیم که او تن به ازدواج نداد. این عمل اساسی دارد و آن این که یوگاناندا معتقد است ازدواج با پرستش خدا قابل جمع نیست. به نظر او ازدواج یعنی خدا در اولویت نیست. این در حالی است که بر اساس تعالیم اسلامی، کسی که بی دلیل همسر انتخاب نکند، نیمی از دین را دریافت نکرده است؛ خداپرستی و عشق به خدا با همسرگزینی سازگار است.
